Профессор Димитрий Купатадзе родился 27 декабря 1947 года в семье врачей в Кутаиси.
После окончания средней школы работала медбратом. В 1965 году поступил в Ленинградский педиатрический медицинский институт (ныне Санкт-Петербургский Государственный Педиатрический университет), который окончил в 1971 году. Во время учебы активно занимался научно-исследовательской деятельностью, которую продолжил и в дальнейшем.
Защитил докторскую диссертацию, посвященную детской сосудистой хирургии. 1980 году сформирована проблемная лаборатория ангиомикрохирургии (золотые медали и дипломы высшего качества на Всесоюзных и Всероссийских студенческих конференциях ежегодно в 1983-1998 гг.).
В 1987 году по его инициативе в Педиатрическом Университете было открыто уникальное детское отделение ангиомикрохирургии, где разрабатываются вопросы диагностики и лечения детей, нуждающихся в сложных реконструктивных вмешательствах. Ежегодно на отделении выполнялось не менее 400 хирургических операций, более 700 детям оказывалась консультативная помощь.
С 1996 по 2001 гг. главный детский хирург Санкт-Петербурга. Основные работы были представлены на международных конференциях: «Достижения и проблемы лечения сердца и сосудов» 1997 г. В Санкт-Петербурге; в материалах II съезда Св. в Ростове-на-Дону; на 4-м конгрессе «Современные технологии в педиатрии и детской хирургии», г. Москва, 2005 и 2006 гг.; на Международном конгрессе по сердечно-сосудистой хирургии, Барселона, 2008 г.; на 9-м Российском конгрессе, Москва, 2010 г.; Санкт-Петербургский Венозный Форум 2013; 29-я Международная конференция в Рязани, 2014 г.; Международный конгресс «Славянский венозный форум» г. Витебск 2015; 12-я Международная конференция 2016 г. в Новосибирске.
Профессор Дмитрий Купатадзе является автором 310 научных работ, 7 из которых являются запатентованными уникальными изобретениями. В 1999 году он был удостоен награды «Почетный гражданин города Луисвилл, штат Кентукки» за доклад по детской сосудистой хирургии на Международной конференции «Медицина нового века». В 1999 году это направление было удостоено первой премии на конкурсе хирургических программ РФ.
С 2004 по 2023 гг. был главным детским хирургом Санкт-Петербурга, членом Санкт-Петербургской комиссии по проблемным вопросам сердечно-сосудистой хирургии, членом городской комиссии детской хирургии и анестезиологии-реаниматологии, президентом Санкт-Петербургской ассоциации педиатров ангиологов и детских сосудистые хирургов имени Амбруаза Паре.